Информация

Къде мога да получа файл с анотация за геном на дрожди с ENSEMBL идентификатори?

Къде мога да получа файл с анотация за геном на дрожди с ENSEMBL идентификатори?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Дори файловете с анотации, хоствани на сайта на Ensembl, имат систематични имена (започващи с Y…) вместо ENSEMBL идентификатори (започващи с EN…).

Обзалагам се, че ще има място, където мога да получа файл с анотация (за предпочитане GFF3). Моля, уведомете ме, ако знаете такива.


С по-нататъшно търсене на отговора разбрах, че неконвенционално идентификаторите на ENSEMBL за дрожди започват с Y. Това е странно. Предполагам, че това е така, защото анотациите за дрожди се поддържат предимно от SGD (база данни за генома на дрожди) и ENSEMBL просто хоства копие от това.

Също така тези идентификатори се наричат Стабилни генни идентификатори.


Червеят нематода Caenorhabditis elegans е основен моделен организъм за основни биомедицински изследвания в продължение на повече от 30 години. Генетични и молекулярни изследвания в C.elegans изигра ключова роля в развитието на нашето разбиране за много важни процеси, включително клетъчна смърт, микроРНК и РНК интерференция, развитие и стареене. C. elegans е първото животно, чийто геном е секвениран (C. elegans Sequencing Consortium, 1998) и е пример за прилагане на геномни данни към функционалната биология при животните.

C. elegans е малка, свободно живееща нематода, намираща се в гниещия растителен материал, особено в компоста и лехите с гъби в умерените региони по целия свят. Храни се с бактериите и други микроорганизми, свързани с гниене на растенията, и често се среща с охлюви, охлюви, многоножки, акари и хапчета, за които се предполага, че пренасят червеи от едно място на друго. Животното има кратко време на поколение, развивайки се през четири ларвни етапа до възрастен. C. elegans е хермафродитно и се различава от повечето други характерни нематоди, които имат мъжки и женски възрастни животни.


Какво мога да намеря? Хомолози, генни дървета и подравняване на целия геном в множество видове.

Геномни подравнявания [81] [ Покажи» «Крия
Arabidopsis thaliana : Actinidia chinensisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Aegilops tauschiiLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Amborella trichopodaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Ananas comosusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Arabidopsis halleriLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Arabidopsis lyrataLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Бета вулгарисLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Брахиподиум дистахионLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Brassica napusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Brassica oleraceaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Brassica rapaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Camelina sativaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Cannabis sativa женскиLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Capsicum annuumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Chenopodium quinoaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Chlamydomonas reinhardtiiLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Chondrus crispusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Citrullus lanatusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Цитрусова клементинаLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Кафе канефораLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Corchorus capsularisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Cucumis meloLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Cucumis sativusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Cyanidioschyzon merolaeLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Cynara cardunculusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Daucus carotaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Eragrostis curvulaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Ерагростис тефLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Eucalyptus grandisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Galdieria sulphurariaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Глицин максLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Gossypium raimondiiLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Helianthus annuusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Hordeum vulgareLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Ipomoea trilobaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Leersia perrieriLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Lupinus angustifoliusLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Malus domestica GoldenLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Manihot esculentaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Marchantia polymorphaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Медикаго truncatulaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Nicotiana atenuataLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Nymphaea colorataLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Olea europaea var. силвестрисLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza barthiiLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza brachyanthaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza glaberrimaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza glumipatulaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza longistaminataLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza meridionalisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Ориза ниваLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza punctataLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Ориза руфипогонLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza sativa Indica GroupLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Oryza sativa Japonica GroupLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Panicum hallii HAL2LASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Papaver somniferumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Phaseolus vulgarisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Physcomitrium patensLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Pistacia veraLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Populus trichocarpaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Prunus dulcisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Prunus persicaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Роза китайскаLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Saccharum spontaneumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Selaginella moellendorffiiLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Setaria italicaLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Setaria viridisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Solanum lycopersicumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Solanum tuberosumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Двуцветно соргоLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Theobroma cacao Belizian Criollo B97-61/B2LASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Теоброма какао Матина 1-6LASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Trifolium pratenseLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Triticum aestivumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Triticum dicoccoidesLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Triticum turgidumLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Triticum urartuLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Vigna angularisLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Vigna radiataLASTZ_NET | статистика
Arabidopsis thaliana : Vitis viniferaLASTZ_NET | статистика
]

Къде мога да получа файл с анотация за геном на дрожди с ENSEMBL идентификатори? - Биология

8 часа поради поддръжка в нашия център за данни. Този интервал може потенциално да бъде по-кратък в зависимост от напредъка на работата. Извиняваме се за неудобството. *** --> *** DAVID ще не работи от 17:00 EST петък, 24.06.2011 до 15:00 EST, неделя, 26/6/2011 поради поддръжка в нашия център за данни. Този интервал може потенциално да бъде по-кратък в зависимост от напредъка на работата. Извиняваме се за неудобството. *** --> *** В момента приемаме бета потребители за нашата нова уеб услуга DAVID, която позволява достъп до DAVID от различни езици за програмиране. Моля, свържете се с нас за достъп. *** --> *** Съпоставянето на генни символи за качване и преобразуване на списъци е променено. Моля, вижте съобщението във форума на DAVID за подробности. --> *** Обявяване на новата уеб услуга на DAVID, която позволява достъп до DAVID от различни езици за програмиране. Повече информация. *** --> *** DAVID 6.8 ще бъде спрян за поддръжка в четвъртък, 23.02.2016 г., от 9:00 до 13:00 EST *** -->
*** Добре дошли в DAVID 6.8 ***
*** Ако търсите DAVID 6.7, моля, посетете нашия сайт за разработка. ***
-->
*** Добре дошли в DAVID 6.8 с актуализирана база знания (повече информация). ***
*** Ако търсите DAVID 6.7, моля, посетете нашия сайт за разработка. ***
-->
*** Добре дошли в DAVID 6.8 с актуализирана база знания (повече информация). ***
*** Сървърът DAVID 6.7 в момента не работи за поддръжка. ***
--> *** Моля, прочетете: Поради поддръжка на центъра за данни, DAVID ще бъде офлайн от петък, 17 юни в 16:00 EST до неделя, 19 юни с възможност да бъде отново онлайн по-рано. *** -->


Ново и заслужаващо внимание

Относно този бюлетин: Това е изданието от пролетта на 2021 г. на бюлетина SGD. Целта на този бюлетин е да информира нашите потребители за новите функции в SGD и да насърчи комуникацията в общността на дрожди. Можете да видите този бюлетин, както и предишни бюлетини в нашата общност Wiki. Съдържание R64.3 Анотация Актуализиране на нови хомологични страници Функционални [&hellip]

SGD с вълнение представя нашите нови страници за хомология! Тези страници могат да бъдат достъпни, като щракнете върху раздела Хомология в заглавката на SGD генните страници, както се вижда по-долу. Информацията, показана на страниците за хомология, е разделена на няколко секции: Хомолози: Информация за известни хомолози за гена, който представлява интерес, като [&hellip]

BREWMOR: Обединяване на изследвания и образование с моделни организми (бивш BREW) ще бъде домакин на виртуален семинар, озаглавен “Подготовка на студенти за изследователски опит,” в петък, 19 февруари 2021 г. от 4 – 18:30, САЩ Великден време. След много успешен виртуален BREW (Briding Research and Education Workshop) през юли 2020 г. като част от срещата на TAGC, [&hellip]

Геномиката на гъбичните патогени е вълнуващ няколкодневен курс, който предоставя на експериментални биолози, работещи върху гъбични организми, с практически опит в анализа на данни в геномен мащаб. Чрез съвместни усилия за преподаване между уеб-базираните ресурси за извличане на данни FungiDB, EnsemblFungi, PomBase, SGD, CGD, MycoCosm и JGI, учениците ще се научат как да използват предоставените уникални инструменти [&hellip]

Относно този бюлетин: Това е есенното издание на бюлетина SGD за 2020 г. Целта на този бюлетин е да информира нашите потребители за новите функции в SGD и да насърчи комуникацията в общността на дрожди. Можете да видите този бюлетин, както и предишни бюлетини в нашата общност Wiki. Съдържание: Нови актуализации на страницата за взаимодействие с алели на SGD [&hellip]


Централна актуализация на Textpresso

Textpresso наскоро беше актуализиран с нова система, която приема преработен потребителски интерфейс и въвежда няколко нови функции, включително:

  • Резултатите от търсенето се показват в контекста на пълния текст
  • Създаване на корпус по поръчка
  • Персонализиран интерфейс за анотация
  • Думите за търсене са маркирани в изглед на пълен текст

Textpresso Central може да бъде достъпен и като щракнете върху “Търсене в пълен текст” под падащото меню Литература на началната страница на SGD. Повече информация за промените и видовете документи, съхранявани в Textpresso, можете да намерите в техния помощен раздел „За нас“ или (от Müller et al., 2018).


Къде мога да получа файл с анотация за геном на дрожди с ENSEMBL идентификатори? - Биология

8 часа поради поддръжка в нашия център за данни. Този интервал може потенциално да бъде по-кратък в зависимост от напредъка на работата. Извиняваме се за неудобството. *** --> *** DAVID ще не работи от 17:00 EST петък, 24.06.2011 до 15:00 EST, неделя, 26/6/2011 поради поддръжка в нашия център за данни. Този интервал може потенциално да бъде по-кратък в зависимост от напредъка на работата. Извиняваме се за неудобството. *** --> *** В момента приемаме бета потребители за нашата нова уеб услуга DAVID, която позволява достъп до DAVID от различни езици за програмиране. Моля, свържете се с нас за достъп. *** --> *** Съпоставянето на генни символи за качване и преобразуване на списъци е променено. Моля, вижте съобщението във форума на DAVID за подробности. --> *** Обявяване на новата уеб услуга на DAVID, която позволява достъп до DAVID от различни езици за програмиране. Повече информация. *** --> *** DAVID 6.8 ще бъде спрян за поддръжка в четвъртък, 23.02.2016 г., от 9:00 до 13:00 EST *** -->
*** Добре дошли в DAVID 6.8 ***
*** Ако търсите DAVID 6.7, моля, посетете нашия сайт за разработка. ***
-->
*** Добре дошли в DAVID 6.8 с актуализирана база знания (повече информация). ***
*** Ако търсите DAVID 6.7, моля, посетете нашия сайт за разработка. ***
-->
*** Добре дошли в DAVID 6.8 с актуализирана база знания (повече информация). ***
*** Сървърът DAVID 6.7 в момента не работи за поддръжка. ***
--> *** Моля, прочетете: Поради поддръжка на центъра за данни, DAVID ще бъде офлайн от петък, 17 юни в 16:00 EST до неделя, 19 юни с възможност да бъде отново онлайн по-рано. *** -->


Тъй като е невъзможно да се оцени всеки ген поотделно, най-смисленият подход е да се види какви функционални анотации имат общите гени в списъка, напр. много от тях участват ли в един и същи път ?

Функционалната характеристика на списъка с гени включва следните стъпки:

  1. Добавете функционални анотации към гените в списъка
  2. Определете фон: обикновено пълният набор от всички гени, които са били открит в експеримента
  3. Извършете статистически тест, за да идентифицирате обогатен функции, заболявания, пътища

Обогатен означава свръхпредставен, срещащ се по-често в списъка, отколкото се очаква случайно въз основа на фоновите данни.

Препоръчва се да се характеризират по-горе и понижени гени поотделно.

!! Хиляди пътища са тествани за обогатяване, това може да доведе до фалшиви положителни резултати. Корекция на множество тестове се използва за коригиране на p-стойностите от индивидуалните тестове за обогатяване, за да се намали вероятността от фалшиви положителни резултати !!

ToppGene: много актуален инструмент за анализ на функционалното обогатяване

Браво за ToppGene

ToppGene е най-актуалният портал за функционално обогатяване на генния списък. Вижте този преглед на техните ресурси от функционални пояснения и датата на последната им актуализация.

В ToppFun инструментът връща обогатени термини от GO, фенотип на мишка, пътища, протеинови взаимодействия, протеинови домейни, места за свързване на транскрипционен фактор, миРНК-целеви гени, асоциации на заболяване-ген, взаимодействия лекарство-ген и набори от генна експресия, събрани от различни източници на данни.

Той поддържа генни символи, Ensembl, Entrez, RefSeq и UniProt ID от хора. Въпреки това, тъй като генните символи за човек, мишка и плъх са идентични, инструментът може да се използва и за мишка и плъх.

Nays за ToppGene

В ToppGene фонът по подразбиране е пълният набор от всички анотирани гени в генома. В резултат на това анализът няма да контролира експерименталното отклонение (отклонение на болестите, функциите, пътищата и резултатите от регулаторите нагоре по веригата към гени, експресирани в тъканта, която изучавате) и ще видите обогатен пътеки. които са свързани само с типа тъкан или клетка, в който работите, а не с условията, които изучавате.

Как да направите анализ на функционалното обогатяване с ToppFun ?

Ще използваме регулираните гени от нашето обучение за RNASeq за анализ на обогатяване.

  • На страницата ToppGene щракнете върху първата връзка ToppFun: транскриптом, онтология, фенотип, протеом...
  • Въведете генни символи или Ensembl ID в полето Генен набор за обучение
  • Щракнете върху Изпратете заявка
  • Ако списъкът с гени съдържа неодобрени символи или дубликати, те са изброени под Гени Не са намерени.

  • В раздела Изчисления изберете типовете функционални анотации, които искате да тествате (всички в нашия случай) и изберете метода за множествена корекция (FDR по подразбиране е наред) и нивото на прекъсване на значимостта (по подразбиране 0,05 е добре)
  • Щракнете върху Започнете
  • Входни параметри обобщава входните параметри на търсенето. Щракнете върху Покажи подробности (червена) връзка, за да ги видите.
  • Резултати от обучението съдържа резултатите от анализа на обогатяването. Изтеглете всички (синьо) ще изтегли резултатите от анализа като текстов файл.
  • Щракнете върху Показване на диаграма (зелена) връзка за визуализиране на резултатите

  • Ако искате да видите кои гени от вашия списък принадлежат към определена анотация, щракнете върху номера в Гени от innput колона

ДЕЙВИД: най-остарял, но позволява да се зададе персонализиран фон

Браво за ДЕЙВИД

В DAVID фонът може да бъде зададен от потребителя. В резултат на това потребителят може да представи гените, които показват някои доказателства за експресия в нейния експеримент, като по този начин контролира експерименталното отклонение (отклонение на заболявания, функции, пътища и резултати от регулаторите нагоре по веригата към гени, експресирани в тъканта, която е изследвана). Така че няма да видите обогатен пътеки. които са свързани само с типа тъкан или клетка, в който работите, но само тези, които са били засегнати от условията, които изучавате.

Той поддържа различни идентификатори: генни символи, Ensembl, Entrez, RefSeq и UniProt ID от обширен списък с организми (те твърдят, че поддържат 65 000 вида).

Не за ДЕЙВИД

DAVID е най-малко актуалният портал за функционално обогатяване на генния списък. Вижте този преглед, за да видите кога е извършена последната актуализация.

Как да направите анализ на обогатяване в DAVID

Ще използваме идентификаторите на Ensembl на регулираните гени от нашето обучение за RNASeq за анализ на обогатяване.

Като фон ще използваме ENSEMBL идентификаторите на гените, които показаха минимална експресия в нашия експеримент, получени чрез филтриране на гени с по-малко от 10 броя във всички проби.

  • На началната страница на DAVID щракнете върху първата връзка Функционална анотация
  • Качете файла с Ensembl IDs, като щракнете върху Изберете файл бутон
  • Посочете, че качвате Ensembl генни идентификатори
  • Посочете, че това е a Списък с гени вие качвате
  • Изпратете списък

  • Ако DAVID се оплаква, че или не сте сигурни кой тип идентификатор съдържа вашият списък, или по-малко от 80% от вашия списък е съпоставен с избрания от вас тип идентификатор, просто го игнорирайте и щракнете Продължете да използвате идентификаторите, които DAVID може да картографира

  • Изберете, за да използвате инструмента за функционални анотации
  • Ще бъдете пренасочени към страницата с резултати
  • Разгънете Gene_Ontology на страницата с резултати

За всяка основна онтология на GO има няколко категории, от които да избирате:

  • 1 използва термините GO в основата на онтологичното дърво (общи термини като метаболизъм, развитие и локализация)
  • 5 включва термините в краищата на клоните (специфични термини като развитие на набраздената мускулатура). Конкретните термини са много по-информативни от общите термини. Тъй като протеините се свързват автоматично с всички родителски (по-общи) термини в GO, се очаква процентът на свързаните протеини да стане по-малък за по-високи (по-специфични) нива
  • директен резултатите се филтрират, за да се премахнат излишните GO записи, най-специфичните се запазват
  • всичко са нефилтрираните резултати от цялото дърво на GO (комбинирани специфични и общи термини)

Процентът и числото определят колко гена от качения списък могат да бъдат свързани с анотация на това ниво на GO. Щракнете върху диаграма за да видите обогатените условия.

DAVID не само използва GO, но също така и анотация на пътя, анотация от swissprot, протеинови домейни и мотиви. Можете да получите обобщение на всички резултати, като щракнете върху Функционален бутон за групиране на анотации в долната част на страницата.

Резултатите вече се комбинират в групи от свързани термини (независимо от онтологията, от която идват)

Ако искате да видите гените от вашия списък, които са свързани с една от обогатените анотации, просто щракнете върху синята лента:

WebGestalt: всички организми, освен един ресурс в даден момент

Браво за WebGestalt

В WebGestalt фонът може да бъде зададен от потребителя. В резултат на това потребителят може да представи гените, които показват някои доказателства за експресия в нейния експеримент, като по този начин контролира експерименталното отклонение (отклонение на заболявания, функции, пътища и резултати от регулаторите нагоре по веригата към гени, експресирани в тъканта, която е изследвана). Така че няма да видите обогатен пътеки. които са свързани само с типа тъкан или клетка, в който работите, но само тези, които са били засегнати от условията, които изучавате.

Този инструмент до голяма степен се припокрива в източниците на данни с DAVID, но ги актуализира по-редовно, последната актуализация е извършена през 2019 г.

Той поддържа различни идентификатори: генни символи, Ensembl, Entrez, RefSeq и UniProt ID от 12 различни моделни организми. За други организми позволява да качите своя собствена база данни с функционални анотации (вижте раздел 3.1 от ръководството на този инструмент).

Как да направите анализ на обогатяването в WebGestalt

Ще използваме регулираните гени от нашето обучение за RNASeq за анализ на обогатяване.

Като фон ще използваме ENSEMBL идентификаторите на гените, които показаха минимална експресия в нашия експеримент, получени чрез филтриране на гени с по-малко от 10 броя във всички проби.

  • В Организъм поле изберете правилния организъм
  • В Метод избор на кутия Анализ на свръхпредставяне
  • В Функционална база данни кутии изберете пътека и КЕГ
  • В Тип ID на ген изберете правилния тип ID
  • Качете списъка с идентификатори
  • В Списък с референтни гени раздел направете същото нещо за фоновия списък в Качете потребителски справочник Задайте файл и изберете тип ID кутия
  • Щракнете върху Изпращане бутон

Анализът ще отнеме няколко минути.

В Резултати от обогатяването може да се визуализира като таблица, лентова диаграма или графика на вулкана. Тъмносините ленти се считат за значително обогатени.

Щракването върху лента показва подробностите в долната половина на страницата:

  • FDR е коригираната p-стойност (червено)
  • Картографиран вход представлява вашия списък с гени (зелен)
  • генен набор е общата група гени на заден план с тази анотация (зелено)
  • припокриване е броят на гените от вашия списък с тази анотация. Те са изброени в таблицата (зелено)

Повторете анализа за обогатяване на пътищата на Wiki. Много повече таблици могат да бъдат генерирани в WebGestalt и трябва да изберете вида на обогатяване, който отговаря на вашите експериментални нужди. Данните могат да бъдат записани обратно на диск за по-нататъшна употреба.

G:Profiler: много организми, но ограничени ресурси

Браво за g:Profiler

g:Profiler поддържа дълъг списък от организми и позволява да качите свой собствен фонов файл.

Nays for g:Profiler

Той има по-малко ресурси от другите инструменти, тъй като извлича функционални анотации от Ensembl, представящи GO термини, пътища, мрежи, регулаторни мотиви и фенотипове на болестта.

Как да направите анализ на обогатяване в g:Profiler

Ще използваме регулираните гени от нашето обучение за RNASeq за анализ на обогатяване.

Като фон ще използваме ENSEMBL идентификаторите на гените, които показаха минимална експресия в нашия експеримент, получени чрез филтриране на гени с по-малко от 10 броя във всички проби.

  • За анализ на обогатяване трябва да използвате g: ГОСТ инструмент (зелен).
  • Заявка за качване: файл с генни идентификатори (в нашия случай Ensembl ID - по един на ред) (червен).
  • Изберете Организъм имате нужда (синьо)
  • Разгънете Разширени опции и изберете Персонализиран в Статистически обхват на домейна (лилаво)
  • Качете фонов списък (лилаво)
  • Щракнете върху Изпълнете заявка бутон

Този инструмент дава визуално атрактивни резултати. Всяка точка в графиката представлява функционална анотация. Задръжте курсора на мишката върху точка, за да покажете подробности като името на анотацията и коригираната p-стойност.

Също така подробните резултати са много визуални.


Дискусия

През последните няколко години създадохме съществени подобрения на нашия API, без да променяме значително начина, по който съществуващите разработчици взаимодействат с него чрез съществуващи публични интерфейси. Актуализациите като поддръжка на много видове и полицистронни преписи наложиха редица промени в схеми и код, но създадоха минимални промени в API. Например, поддръжката на кръгов геном изискваше само промени в API, докато поддръжката на полицистронен транскрипт изисква промени в схемата на базата данни, но не променя съществуващите методи на API. Нито една от тези актуализации не изискваше съществуващ код да бъде променен, освен за използване на нова функция. Всъщност, тръбопроводът за анотиране на генна ортология и паралогия на Ensembl ( 42) се изпълняваше върху бази данни с много видове ядро ​​без никакви модификации. За да се реализират тези промени с такова минимално ниво на въздействие е необходимо нивото на абстракция, описано по-рано.

Промените в схемата се правят само когато е необходимо, а несъвместими промени се прилагат, когато смятаме, че текущата схема не отговаря на предвидените цели. Където е възможно, се предлагат планове за миграция между схемите за редица издания, което дава на разработчиците време да мигрират. Такова беше решението, предложено, когато стабилните таблици с идентификатори се сляха с техните родителски таблици в Ensembl издание 65 (декември 2011 г.). Когато се счита, че даден метод вече не е приложим или е заменен от по-добър метод, оригиналът се отхвърля и разработчиците се насочват към замяна. Обширен набор от модулни тестове (4873 в Ensembl версия 87) гарантира, че разработването на код не причинява прекъсване в нашето очаквано поведение на API. Поради повсеместното използване на API в рамките на нашите цикли за производство на данни, регресиите на производителността обикновено се идентифицират и коригират бързо.

API продължава да поддържа нови методи за доставка на информация за множество видове, както е подчертано от нашата REST услуга (43). Чрез изграждането на Perl API, REST API има солидна платформа за разработка и стабилен стабилен модел на трансфер на данни. Той е съвместим с всеки ресурс, базиран на инфраструктура на Ensembl, включително Ensembl Genomes ( 44), който пусна собствена инсталация на тази услуга. Ние виждаме излагането на Ensembl данни на алтернативни езици за програмиране като важно развитие.

Гъвкавостта на Ensembl Core инфраструктурата е най-ясно показана от многото мащабни проекти, които я използват повторно, включително Ensembl Genomes, Gramene ( 45), WormBase и WormBase ParaSite ( 46), VectorBase ( 47), PomBase ( 48) и AvianBase ( 49). Универсалността на софтуерната инфраструктура Ensembl Core, включително Perl и REST API, се демонстрира допълнително от инструменти на трети страни, които я включват и разширяват (50–52), както и придружаващ софтуер за създаване на екземпляри на Ensembl (53). Тези жизнени и активни изследователски общности редовно внасят нови изисквания и изисквания, които, заедно с предизвикателствата на новите типове данни, описани по-горе, гарантират, че развитието на нашата основна инфраструктура е толкова активно сега, колкото някога е било.


IGenomes

Няколко от тези файлове са във формат tar.gz. За да извлечете файловете в Windows система, използвайте 7zip в режим на администратор.

iGenomes са колекция от референтни последователности и файлове с анотации за често анализирани организми. Файловете са изтеглени от Ensembl, NCBI или UCSC. Имената на хромозомите са променени, за да бъдат прости и в съответствие с източника за изтегляне. Всеки iGenome е наличен като компресиран файл, който съдържа последователности и файлове с анотации за единична геномна конструкция на организъм.

За повече информация вижте прегледа на iGenomes и регистъра на промените.

hg19 – Няма файлове с пояснения.

    – Има най-новите файлове с пояснения. Използвайте с LRM DNA Amplicon Analysis модули v1.1 и v2.0 – Използвайте с LRM DNA Amplicon Analysis modul v1.0
Свържете се с нас
Техническа поддръжка
Споделете с техническата поддръжка

Получете инструкции за споделяне на вашия работен плот, докато работите с техническа поддръжка.

Друга поддръжка
Свържете се с нас
Техническа поддръжка
[email protected]
Друга поддръжка
Само за изследователска употреба

Не се използва при диагностични процедури, освен ако е изрично отбелязано.

Иновативни технологии

Нашата цел в Illumina е да приложим иновативни технологии за анализ на генетичните вариации и функции, което прави възможни изследвания, които дори не можехме да си представим само преди няколко години. За нас е изключително важно да предоставяме иновативни, гъвкави и мащабируеми решения, за да отговорим на нуждите на нашите клиенти. Като глобална компания, която отдава високо значение на съвместните взаимодействия, бързата доставка на решения и осигуряването на най-високо ниво на качество, ние се стремим да посрещнем това предизвикателство. Иновативните технологии за секвениране и масиви на Illumina подхранват новаторски напредък в научните изследвания за живота, транслационната и потребителска геномика и молекулярната диагностика.