Информация

Преглед на активността на РНКазата

Преглед на активността на РНКазата


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Търсих някакъв преглед, който да разгадае структурно-функционалните мотиви, отговорни за активността на РНКаза. Или поне добре съставен преглед на суперфамилии на РНКаза, които са описани в наши дни (с връзка с тяхната функционална активност). Извършеното ми търсене в PubMed не даде никакви ценни резултати за това. Някакви специалисти за коментар?

Благодаря предварително!


Направих няколко търсения, просто за забавление, но всичко, което стигнах до мен беше:

Yuhong Zuo и Murray P. Deutscher "Екзорибонуклеазни суперфамилии: структурен анализ и филогенетично разпределение" (2001) Nucl. Киселини Рез. 29 (5): 1017-1026. doi: 10.1093/nar/29.5.1017

Не е много скорошен, но има отворен достъп. Може да е възможно да се потърсят по-нови статии, които цитират това. Въпреки че не съм го пробвал сам, намерих предложения за това на https://www.bc.edu/libraries/help/howdoi/howto/pubcitation.html.


Граници в имунологията

Принадлежностите на редактора и рецензентите са най-новите, предоставени в техните профили за изследване на Loop и може да не отразяват тяхното положение по време на прегледа.


  • Изтеглете статия
    • Изтеглете PDF
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • Допълнителен
      Материал
    • Крайна бележка
    • Референтен мениджър
    • Прост TEXT файл
    • BibTex


    СПОДЕЛИ НА

    Имунитет и устойчивост на вируси

    2′-5′ Олиго А Синтазен път

    Два ISG са ключови за този път: рибонуклеаза L (RNaseL) и 2′-5′ олиго А синтаза (OAS). RNaseL (за латентно) е неактивен, когато се синтезира, но когато се активира, разрушава РНК в клетката, което води до аутофагия и апоптоза. (И двата процеса са стабилни антивирусни реакции.) За да стане активна RNAseL, тя трябва да се свърже с полимери на 2′-5′-свързан олигоаденилат (2′-5′ олиго А) и те се синтезират от OAS. Въпреки това OAS също се произвежда в неактивна форма и става активен само при свързване с dsRNA. Изискването за многоетапен път помага да се гарантира, че RNaseL не се активира при липса на вирусна инфекция. За да обобщим пътя: (1) RNaseL и OAS са ISG. (2) Ако клетка, експресираща тези протеини, е заразена от РНК вирус, дълга dsRNA се натрупва в цитоплазмата. (3) OAS се активира и синтезира 2′-5′ олиго А. (4) RNaseL се свързва с 2′-5′олиго А и се активира. (5) Активната RNaseL разцепва вирусна и клетъчна РНК.


    Драйфус, М. и Джойс, С. Взаимодействието между транслацията и разпада на иРНК в прокариотите. в Транслационни механизми (ред. Lapointe, J. & Brakier-Gingras, L.) 165–183 (Landes Bioscience, Georgetown, Texas, 2002).

    Condon, C. RNA обработка и разграждане в Bacillus subtilis. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 67, 157–174 (2003).

    Condon, C. & amp Putzer, H. Филогенетичното разпределение на бактериалните рибонуклеази. Нуклеинови киселини Res. 30, 5339–5346 (2002).

    Agaisse, H. & Lereclus, D. STAB-SD: последователност на Shine-Dalgarno в 5′ нетранслираната област е детерминант за стабилността на иРНК. Mol. Microbiol. 20, 633–643 (1996).

    Bechhofer, D.H. & amp Dubnau, D. Индуцирана стабилност на иРНК в Bacillus subtilis. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 84, 498–502 (1987).

    Hambraeus, G., Karhumaa, K. & Rutberg, B. 5′ стволова бримка и рибозомно свързващо място, но не и транслацията, са важни за стабилността на Bacillus subtilis aprE водеща иРНК. микробиология 148, 1795–1803 (2002).

    Glatz, E., Nilsson, R.-P., Rutberg, L. & Rutberg, B. Двойна роля за Bacillus subtilis лидер и GlpP протеин в регулираната експресия на glpD: антитерминация и контрол на стабилността на иРНК. Mol. Microbiol. 19, 319–328 (1996).

    Даже, S. et al. Рибонуклеази J1 и J2: две нови ендорибонуклеази в B. subtilis с функционална хомология към Е. coli РНКаза Е. Нуклеинови киселини Res. 33, 2141–2152 (2005).

    Mathy, N. et al. 5'-до-3' Екзорибонуклеазна активност в бактерии: роля на РНКаза J1 в съзряването на рРНК и 5' стабилност на иРНК. клетка 129, 681–692 (2007).

    Condon, C., Putzer, H., Luo, D. & Grunberg-Manago, M. Обработка на Bacillus subtilis thrS лидерната иРНК е РНКаза Е-зависима в Ешерихия коли. J. Mol. Biol. 268, 235–242 (1997).

    Bouvet, P. & Belasco, J.G. Контрол на РНКаза Е-медиирано разграждане на РНК чрез сдвояване на 5'-терминални бази в Е. coli. природата 360, 488–491 (1992).

    Tock, M.R., Walsh, A.P., Carroll, G. & McDowall, K.J. CafA протеинът, необходим за 5′-узряването на 16 S rRNA, е 5′-зависима от края рибонуклеаза, която има контекстно-зависима широка специфичност на последователността. J. Biol. Chem. 275, 8726–8732 (2000).

    Маки, Г.А. Рибонуклеаза Е е ендонуклеаза, зависима от 5'-края. природата 395, 720–723 (1998).

    Jiang, X. & amp Belasco, J.G. Каталитично активиране на мултимерна РНКаза Е и РНКаза G от 5′-монофосфорилирана РНК. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 101, 9211–9216 (2004).

    Callebaut, I., Moshous, D., Mornon, J.P. & de Villartay, J.P. Метало-бета-лактамазата се сгъва в ензими, обработващи нуклеинови киселини: семейството на бета-CASP. Нуклеинови киселини Res. 30, 3592–3601 (2002).

    Mandel, C.R. et al. Факторът на полиаденилиране CPSF-73 е ендонуклеазата за пре-мРНК 3′-крайна обработка. природата 444, 953–956 (2006).

    Ishikawa, H., Nakagawa, N., Kuramitsu, S. & amp Masui, R. Кристална структура на TTHA0252 от Thermus thermophilus HB8, протеин за разграждане на РНК от суперсемейството метало-бета-лактамази. J. Biochem. 140, 535–542 (2006).

    Домински, З. Нуклеази от семейството на метало-бета-лактамазите и тяхната роля в метаболизма на ДНК и РНК. Крит. Rev. Biochem. Mol. Biol. 42, 67–93 (2007).

    Li de la Sierra-Gallay, I., Mathy, N., Pellegrini, O. & amp Condon, C. Структура на вездесъщия 3′ обработващ ензим RNase Z, свързан с прехвърляне на РНК. Нац. Структура. Mol. Biol. 13, 376–377 (2006).

    de la Sierra-Gallay, I.L., Pellegrini, O. & amp Condon, C. Структурна основа за свързване на субстрата, разцепване и алостерия в тРНК матуразата РНКаза Z. природата 433, 657–661 (2005).

    Weaver, L.H. et al. Сравнението на лизозими от гъши, пилешки и фагов тип илюстрира промените, които настъпват както в аминокиселинната последователност, така и в триизмерната структура по време на еволюцията. J. Mol. Евол. 21, 97–111 (1984).

    Кормак, Р.С. и Маки, G.A. Структурни изисквания за обработка на Ешерихия коли 5S рибозомна РНК от RNase E инвитро. J. Mol. Biol. 228, 1078–1090 (1992).

    Маки, Г.А. Вторична структура на иРНК за рибозомен протеин S20. Последици за разцепването от рибонуклеаза Е. J. Biol. Chem. 267, 1054–1061 (1992).

    Маки, Г.А. & Genereaux, J.L. Ролята на структурата на РНК при определяне на РНКаза Е-зависими места на разцепване в иРНК за рибозомен протеин S20 инвитро. J. Mol. Biol. 234, 998–1012 (1993).

    Макдауол, K.J., Kaberdin, V.R., Wu, S.W., Cohen, S.N. & Lin-Chao, S. Сайт-специфично РНКаза Е разцепване на олигонуклеотиди и инхибиране от стволови бримки. природата 374, 287–290 (1995).

    Калахан, A.J. et al. Структура на Ешерихия коли РНКаза Е каталитичен домен и последици за оборота на РНК. природата 437, 1187–1191 (2005).

    Choonee, N., Even, S., Zig, L. & Putzer, H. Рибозомният протеин L20 контролира експресията на Bacillus subtilis infC оперон чрез механизъм за затихване на транскрипцията. Нуклеинови киселини Res. 35, 1578–1588 (2007).

    Ryan, K., Calvo, O. & amp Manley, J.L. Доказателство, че факторът на полиаденилиране CPSF-73 е mRNA 3′ обработващата ендонуклеаза. РНК 10, 565–573 (2004).

    Moshous, D. et al. Artemis, нов протеин за възстановяване на двойна верига на ДНК/V(D)J рекомбинация, е мутирал при тежък комбиниран имунен дефицит при хора. клетка 105, 177–186 (2001).

    Ma, Y., Pannicke, U., Schwarz, K. & Lieber, M.R. Отваряне на фиби и обработка на надвес от Artemis/DNA-зависим протеин киназен комплекс в нехомоложно свързване на края и V(D)J рекомбинация. клетка 108, 781–794 (2002).

    Домински, З., Янг, X.C., Пърди, М., Вагнер, E.J. и Марцлуф, W.F.A. Хомологът на CPSF-73 е необходим за прогресията на клетъчния цикъл, но не и растежа на клетките и взаимодейства с протеин, притежаващ характеристики на CPSF-100. Mol. клетка. Biol. 25, 1489–1500 (2005).

    Ma, Y. et al. ДНК-зависимите протеин киназа каталитични субединици места на фосфорилиране в човешки Artemis. J. Biol. Chem. 280, 33839–33846 (2005).

    Soubeyrand, S. et al. Артемида, фосфорилирана от ДНК-зависима протеин киназа, се асоциира предимно с отделни области на хроматин. J. Mol. Biol. 358, 1200–1211 (2006).

    Niewolik, D. et al. ДНК-PKcs зависимост на ендонуклеолитичната активност на Artemis, разлики между фиби и 5′ или 3′ надвеси. J. Biol. Chem. 281, 33900–33909 (2006).

    Taghbalout, A. & Rothfield, L. RNaseE и другите съставки на РНК деградозомата са компоненти на бактериалния цитоскелет. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 104, 1667–1672 (2007).

    Ванзо, Н.Ф. et al. Рибонуклеаза Е организира протеиновите взаимодействия в Ешерихия коли РНК деградозома. Genes Dev. 12, 2770–2781 (1998).

    Celesnik, H., Deana, A. & amp Belasco, J.G. Иницииране на разпад на РНК в Ешерихия коли чрез отстраняване на 5′ пирофосфат. Mol. клетка 27, 79–90 (2007).

    Muhlrad, D., Decker, C.J. & Parker, R. Деаденилирането на нестабилната иРНК, кодирана от дрождевия MFA2 ген, води до декапиране, последвано от 5′ → 3′ смилане на транскрипта. Genes Dev. 8, 855–866 (1994).

    Матюс, B.W. Съдържание на разтворител в протеинови кристали. J. Mol. Biol. 33, 491–497 (1968).

    Съвместен изчислителен проект, номер 4. Комплектът CCP 4: програми за протеинова кристалография. Acta Crystallogr. D Биол. Crystallogr. 50, 760–763 (1994).

    Kabsch, W.J. Автоматична обработка на данни за ротационна дифракция от кристали с първоначално неизвестна симетрия и клетъчни константи. J. Appl. Crystallogr. 26, 795–800 (1993).

    Юсън, И. и Шелдрик, Г.М. Напредък в директните методи за протеинова кристалография. Curr. Opin. Структура. Biol. 9, 643–648 (1999).

    Шнайдер, Т.Р. и Шелдрик, G.M. Подструктурно решение с SHELXD. Acta Crystallogr. D Биол. Crystallogr. 58, 1772–1779 (2002).

    Брунгер, A.T. et al. Система за кристалография и NMR: нов софтуерен пакет за определяне на макромолекулна структура. Acta Crystallogr. D Биол. Crystallogr. 54, 905–921 (1998).

    Perrakis, A., Morris, R. & Lamzin, V.S. Автоматизирано изграждане на протеинов модел, комбинирано с итеративно усъвършенстване на структурата. Нац. Структура. Biol. 6, 458–463 (1999).

    Emsley, P. & Cowtan, K. Coot: инструменти за изграждане на модели за молекулярна графика. Acta Crystallogr. D Биол. Crystallogr. 60, 2126–2132 (2004).

    Вагин, А.А. et al. Речник REFMAC5: организация на предишни химически познания и насоки за използването му. Acta Crystallogr. D Биол. Crystallogr. 60, 2184–2195 (2004).

    Laskowski, R.A., MacArthur, M.W., Moss, D.S. & Thornton, J.M. PROCHECK: програма за проверка на стереохимичното качество на протеиновите структури. J. Appl. Crystallogr. 26, 283–291 (1993).

    Делано, W.L. Системата за молекулярна графика PyMOL. (DeLano Scientific, Пало Алто, Калифорния, 2002 г.).

    Бейкър, Н. А., Септ, Д., Джоузеф, С., Холст, М. Дж. и Маккамон, Дж. А. Електростатика на наносистеми: приложение към микротубули и рибозома. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 98, 10037–10041 (2001).

    Krissinel, E. & amp Henrick, K. Secondary-structure matching (SSM), нов инструмент за бързо подравняване на протеиновата структура в три измерения. Acta Crystallogr. D Биол. Crystallogr. 60, 2256–2268 (2004).


    Натриев ацетат, трихидрат (Продукт. № S8625)
    Рибонуклеинова киселина (Продукт № R6750)

    Използвайте свръхчиста вода (≥18 MΩxcm съпротивление при 25 °C) за приготвяне на реагенти.

    Буфер (100 mM натриев ацетат, pH 5,0 при 25 °C) – Пригответе 13,61 mg/mL разтвор, използвайки натриев ацетат, трихидрат (Prod. No. S8625) в ултрачиста вода. Регулирайте рН до 5,0 при 25 °C с 2 М оцетна киселина.

    РНК разтвор [0,1% (w/v) разтвор на рибонуклеинова киселина] – Пригответе

    1 mg/mL разтвор в буфер с рибонуклеинова киселина (Продукт. № R6750). Осигурете разтваряне чрез завъртане или обръщане. направи не използвайте бъркалка. Разтварянето може да отнеме до 30 минути. След като РНК се разтвори, концентрацията на РНК трябва да да бъдат проверени преди провеждане на анализа. Пипетирайте следното в 3,0 mL акрилатни кювети за еднократна употреба и разбъркайте чрез обръщане:

    Определете ΔA300 Субстрат = A300 Субстрат - А300 Празно. ΔA300 Субстрат трябва да да бъде 0,73±0,025. Ако е необходимо, коригирайте абсорбцията, като използвате подходящо количество буфер или твърда рибонуклеинова киселина.

    Ензимен разтвор (Разтвор на РНКаза) – Пригответе изходен разтвор на РНКаза, съдържащ 50–75 единици Куниц/mL в студена свръхчиста вода.

    • За определяне на общата хидролиза (Eе) – Пригответе разтвор чрез разреждане на основния разтвор на РНКаза със студена ултрачиста вода до крайна концентрация от 0,50–0,75 единици Kunitz/mL.
    • За определяне на тарифа (E0) – Непосредствено преди употреба, пригответе разтвор чрез разреждане на основния разтвор на РНКаза със студена свръхчиста вода до крайна концентрация от 0,20–0,30 единица Kunitz/mL.

    Технология за откриване на РНКазна активност

    Изследователски екип на KAIST на професор Hyun Gyu Park от катедрата по химическо и биомолекулно инженерство разработи нова технология за откриване на активността на RNase H, ензим, разграждащ РНК. Екипът използва високоефективна реакция на усилване на сигнала, наречена каталитичен монтаж на фиби (CHA), за да анализира ефективно активността на RNase H. Като се има предвид, че РНКаза H е необходима за разпространението на ретровируси като ХИВ, това изследване може да допринесе за лечението на СПИН в бъдеще, казват изследователите.

    Това проучване, водено от д-р. кандидатите Chang Yeol Lee и Hyowon Jang бяха избрани за прикритие Наномащаб (брой 42, 2017 г.), публикуван на 14 ноември.

    Съществуващите техники за откриване на RNase H изискват скъп флуорофор и гасител и включват сложно изпълнение. Освен това няма начин за усилване на сигнала, което води до ниска ефективност на откриване като цяло. Екипът използва CHA технология, за да преодолее тези ограничения. CHA усилва сигнала за откриване, за да позволи по-чувствителен анализ на активността на RNase H.

    Екипът е проектирал реакционната система, така че продуктът от CHA реакцията да има G-квадруплексни структури, което е подходящо за генериране на флуоресценция. Чрез използване на флуоресцентни молекули, които се свързват с G-квадруплексите за генериране на силна флуоресценция, екипът може да разработи високоефективен метод за откриване на RNase H, който преодолява ограниченията на съществуващите техники. Освен това, тази технология може да скринира инхибитори на активността на РНКаза Н.

    Екипът очаква, че резултатите от изследването могат да допринесат за лечението на СПИН. СПИН е заболяване, причинено от ХИВ, ретровирус, който използва обратна транскрипция, по време на която РНК се превръща в ДНК. РНКаза Н е от съществено значение за обратната транскрипция при ХИВ и по този начин инхибирането на РНКаза Н може от своя страна да инхибира транскрипцията на ХИВ ДНК.

    Професор Парк каза: "Тази технология е приложима за откриване на различни ензимни активности, както и активност на РНКаза Н." Той продължи: "Надявам се, че тази технология може да бъде широко използвана в изследванията на заболявания, свързани с ензими."


    Етични декларации

    Конкурентни интереси

    Регентите на Калифорнийския университет имат издадени и чакащи патенти за CRISPR технологии, за които H.S., B.F.C., G.J.K. и J.A.D. са изобретатели. J.A.D. е съосновател на Caribou Biosciences, Editas Medicine, Scribe Therapeutics, Intellia Therapeutics и Mammoth Biosciences. J.A.D. е член на научен консултативен съвет на Caribou Biosciences, Intellia Therapeutics, eFFECTOR Therapeutics, Scribe Therapeutics, Mammoth Biosciences, Synthego, Algen Biotechnologies, Felix Biosciences и Inari. J.A.D. е директор в Johnson & Johnson и има изследователски проекти, спонсорирани от Biogen, Pfizer, AppleTree Partners и Roche.


    Флуоресцентен анализ, базиран на квадруплекс, без етикети и в реално време за активност и инхибиране на РНКаза H

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Лаборатория по химическа биология и държавна ключова лаборатория за използване на редкоземни ресурси, Чанчунски институт по приложна химия, Китайска академия на науките, Чанчун, 130022 (НР Китай), Факс: (+86) 0431-85262625

    Висше училище на Китайската академия на науките, Пекин, 100039 (НР Китай)

    Абстрактно

    Ние демонстрираме уникален флуоресцентен анализ, базиран на квадруплекс, за чувствително, лесно, в реално време и без етикети откриване на активност и инхибиране на РНКаза Н чрез използване на стратегия за образуване на G-квадруплекс. В нашия подход беше приготвен РНК-ДНК субстрат, като ДНК веригата е проектирана като олигомер, образуващ квадруплекс. При разцепване на РНК веригата от РНКаза Н, освободената G-богата ДНК верига се сгъва в квадруплекс в присъствието на моновалентни йони и взаимодейства със специфично G-квадруплексно свързващо вещество, н-метил мезопорфирин IX (NMM) това дава драматично повишаване на флуоресценцията и служи като репортер на реакцията. Този нов анализ е прост като дизайн, бърз в експлоатация и е по-удобен и обещаващ от другите методи. Отнема по-малко от 30 минути, за да завърши, а границата на откриване е много по-добра или поне сравнима с предишните доклади. Не са необходими сложни експериментални техники или химическа модификация нито за РНК, нито за ДНК. Анализът може да се осъществи чрез използване на обикновен спектрофотометър и предотвратява възможна интерференция с кинетичното поведение на катализаторите. Нашият подход предлага идеална система за високопроизводителен скрининг на ензимни инхибитори и демонстрира, че структурата на G-квадруплекс може да се използва като функционален инструмент в специфични области в бъдеще.

    Подробни факти от значение за специализираните читатели се публикуват като „Поддържаща информация“. Такива документи се рецензират от партньори, но не се редактират или набират. Те се предоставят така, както са предоставени от авторите.

    Име на файл Описание
    chem_200902166_sm_miscellaneous_information.pdf155 KB различна_информация

    Моля, обърнете внимание: Издателят не носи отговорност за съдържанието или функционалността на каквато и да е поддържаща информация, предоставена от авторите. Всички запитвания (освен липсващо съдържание) трябва да бъдат насочени към съответния автор за статията.


    Съдържание

    Бактериалната РНКаза Р има два компонента: РНК верига, наречена М1 РНК, и полипептидна верига, или протеин, наречен С5 протеин. [4] [5] In vivo, и двата компонента са необходими за правилното функциониране на рибозима, но инвитро, М1 РНК може да действа самостоятелно като катализатор. [1] Основната роля на протеина C5 е да засили афинитета на свързване на субстрата и каталитичната скорост на ензима M1 РНК, вероятно чрез увеличаване на афинитета на метални йони в активното място. Кристалната структура на бактериален холоензим РНКаза Р с tRNA беше наскоро разрешена, показвайки как големите, коаксиално подредени спирални домейни на РНКаза P РНК участват в селективното разпознаване на формата на пре-тРНК целта. Тази кристална структура потвърждава по-ранните модели на разпознаване и катализа на субстрата, идентифицира местоположението на активния сайт и показва как протеиновият компонент увеличава функционалността на RNase P. [6] [7]

    Бактериална РНКаза P клас A и B Редактиране

    Рибонуклеаза P (RNase P) е повсеместна ендорибонуклеаза, намираща се в археи, бактерии и еукарии, както и в хлоропласти и митохондрии. Най-добре характеризираната му активност е генерирането на зрели 5'-краища на tRNAs чрез разцепване на 5'-водещите елементи на прекурсор-tRNAs. Клетъчната РНКаза Ps са рибонуклеопротеини (RNP). РНК от бактериална РНКаза Ps запазва каталитичната си активност в отсъствието на протеиновата субединица, т.е. тя е рибозим. Не е доказано, че изолирана еукариотна и археална РНКаза P РНК запазва каталитичната си функция, но все още е от съществено значение за каталитичната активност на холоензима. Въпреки че археалните и еукариотните холоензими имат много по-голямо съдържание на протеин от еубактериалните, РНК ядрата от всичките три линии са хомоложни - спирали, съответстващи на P1, P2, P3, P4 и P10/11, са общи за всички клетъчни РНКаза P РНК. И все пак, има значителни вариации в последователността, особено сред еукариотните РНК.

    При археите рибонуклеопротеините на РНКаза P се състоят от 4-5 протеинови субединици, които са свързани с РНК. Както разкри от инвитро експерименти за възстановяване, тези протеинови субединици са индивидуално необходими за обработка на tRNA, която по същество се медиира от RNA компонента. [8] [9] [10] Структурите на протеиновите субединици на археалната РНКаза P са разрешени чрез рентгенова кристалография и ЯМР, като по този начин се разкриват нови протеинови домейни и се сгъват фундаментални за функцията.

    Използвайки сравнителна геномика и подобрени изчислителни методи, радикално минимизирана форма на РНКаза Р РНК, наречена "Тип Т", е открита във всички пълни геноми от филогенетичното семейство Thermoproteaceae на кренархеите, включително видове от родовете Pyrobaculum, Caldivirga и Vulcanisa. [11] Всички запазват конвенционален каталитичен домен, но им липсва разпознаваем домен на специфичност. Експериментално е потвърдена активността за обработка на 5′ tRNA само на РНК. РНК Pyrobaculum и Caldivirga RNase P са най-малката естествено срещаща се форма, която все още е открита, че функционира като транс-действащи рибозими. [11] Загубата на домен на специфичност в тези РНК предполага потенциална променена специфичност на субстрата.

    Наскоро се твърди, че archaebacterium Nanoarchaeum equitans не притежава РНКаза P. Изчислителни и експериментални изследвания не успяха да намерят доказателства за съществуването му. В този организъм промоторът на тРНК е близък до гена на тРНК и се смята, че транскрипцията започва от първата база на тРНК, като по този начин се премахва изискването за РНКаза P. [12]

    При еукариотите, като хора и дрожди, повечето РНКаза P се състои от РНК верига, която е структурно подобна на тази в бактериите [13], както и от девет до десет свързани протеини (за разлика от единичния бактериален протеин РНКаза Р, C5) . [2] [14] Пет от тези протеинови субединици проявяват хомология с археални аналози. Тези протеинови субединици на РНКаза P се споделят с RNase MRP, [14] [15] [16] каталитичен рибонуклеопротеин, участващ в обработката на рибозомна РНК в ядрото. [17] РНКаза Р от еукариоти едва наскоро беше доказано, че е рибозим. [18] Съответно, многобройните протеинови субединици на еукариалната РНКаза P имат незначителен принос за обработката на тРНК сама по себе си, [19] докато изглежда са от съществено значение за функцията на РНКаза P и РНКаза MRP в други биологични условия, като генна транскрипция и клетъчния цикъл. [3] [20] Въпреки бактериалния произход на митохондриите и хлоропластите, пластидите от висши животни и растения изглежда не съдържат РНК-базирана РНКаза Р. Доказано е, че човешката митохондриална РНКаза Р е протеин и не съдържа РНК . [21] Доказано е също, че спаначена хлоропластна РНКаза P функционира без РНК субединица. [22]

    Субединици и функции на човешката РНКаза P [2]
    Подединица Функция/взаимодействие (при обработка на tRNA)
    RPP14 РНК свързване
    RPP20 АТФаза, хеликаза/Hsp27, SMN, Rpp25
    RPP21 РНК свързване, активност g/Rpp29
    RPP25 РНК свързване/Rpp20
    RPP29 tRNA свързване, активност/Rpp21
    RPP30 РНК свързване, активност/Pop5
    RPP38 РНК свързване, активност
    RPP40
    hPop1
    hPop5 РНК свързване, активност/Rpp30
    H1 РНК Активност/Rpp21, Rpp29, Rpp30, Rpp38

    РНКаза P сега се проучва като потенциална терапия за заболявания като херпес симплекс вирус, [23] цитомегаловирус, [23] [24] грип и други респираторни инфекции, [25] HIV-1 [26] и рак, причинен от слят ген BCR-ABL. [23] [27] Външни направляващи последователности (EGS) се образуват с комплементарност към вирусна или онкогенна иРНК и структури, които имитират Т бримката и акцепторния ствол на тРНК. [25] Тези структури позволяват на РНКаза Р да разпознае EGS и да разцепи целевата тРНК. EGS терапиите са показали, че са ефективни в културата и при живи мишки. [28]


    Америка

    Сайтът ще бъде показан на английски език.

    Ние използваме тези бисквитки, за да гарантираме, че нашият сайт функционира сигурно и правилно, те са необходими за функционирането на нашите услуги и не могат да бъдат изключени в нашите системи. Те обикновено се задават само в отговор на направени от вас действия, които представляват заявка за услуги, като влизане, използване на пазарска количка или попълване на формуляри. Можете да настроите браузъра си да блокира или да ви предупреждава за тези бисквитки, но някои части от нашите услуги няма да работят без тях. Подобно на другите бисквитки, които използваме, строго необходимите бисквитки могат да бъдат бисквитки на първа страна или бисквитки на трети страни.

    Ние използваме тези бисквитки, за да запомним вашите настройки и предпочитания. Например, можем да използваме тези бисквитки, за да запомним вашите езикови предпочитания.
    Разрешаване на предпочитани бисквитки

    Ние използваме тези бисквитки, за да събираме информация за това как взаимодействате с нашите услуги и за да ни помогнем да ги измерваме и подобряваме. Например, можем да използваме тези бисквитки, за да определим дали сте взаимодействали с определена страница.
    Разрешаване на бисквитки за ефективност/статистически данни

    Ние и нашите рекламни партньори използваме тези бисквитки, за да доставяме реклами, да ги направим по-подходящи и значими за вас и да проследяваме ефективността на нашите рекламни кампании, както в нашите услуги, така и в други уебсайтове и социални медии.
    Разрешаване на маркетингови бисквитки