Информация

Каква е скоростта на разпадане на иРНК в saccharomyces cerevisiae?

Каква е скоростта на разпадане на иРНК в saccharomyces cerevisiae?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Просто търся число дали това е средна стойност или оценка. Имам проблеми с намирането на тази стойност върху хартиите, защото в документите се споменават само методите за изчисляване на такава стойност. Има ли причина, поради която е трудно да се получи разумна средна стойност?


Ето най-добрия ми опит да отговоря на този въпрос:

Средният живот на разграждане на иРНК е приблизително 20 минути в случай на дрожди. Също така, общата транскрипция за RNA pol II в дрождена клетка, растяща при стандартни условия, е около 60 200 mRNAs/h. Ще продължа и ще предположа, че скоростта на транскрипция е постоянна през цялото време. По този начин имаме, че общата скорост на транскрипция е равна на 1003 mRNAs/min. Освен това ще направя приблизителното приближение, че всички иРНК живеят точно 20 минути. Следователно, иРНК ще започнат да се разграждат след 20 минути. За един час 1003 иРНК ще се разграждат всяка минута в продължение на 40 минути. От това следва, че скоростта на разпадане на иРНК в дрождите е приблизително 40120 mRNAs/h.


Резюме

Общите пътища на разпадане на еукариотната тРНК се осъществяват чрез деденилиране, последвано от 3′ до 5′ разграждане или декапиране, въпреки че някои ендонуклеазни места са идентифицирани в мРНК на метазои. За да се определи ролята на ендонуклеазите в разграждането на иРНК в Saccharomyces cerevisiae, картографирахме 5 ′ монофосфатни краища върху тРНК в див тип и dcp2∆ xrn1∆ дрождови клетки, където продуктите на разцепване на иРНК ендонуклеаза се стабилизират. Това доведе до три важни наблюдения. Първо, наблюдавани са само няколко иРНК, които претърпяват ендонуклеолитично разцепване на ниско ниво, което предполага, че ендонуклеазите не са основен принос за разпадането на дрождева иРНК. Второ, независимо от известните декапиращи ензими, наблюдавахме ниски нива на 5′ монофосфати върху някои иРНК, което предполага, че неизвестен механизъм може да генерира 5′ открити краища, въпреки че за всички тествани субстрати, Dcp2 е основният декапиращ ензим. И накрая, ние идентифицирахме разклонени междинни продукти от лариат от гени, съдържащи интрон, демонстрирайки значителен път за изхвърляне на иРНК по време на втория етап от сплайсинга на пре-мРНК, което е потенциална стъпка за регулиране на генната експресия.

Разграждането на тРНК играе решаваща роля в контрола и прецизността на генната експресия. При еукариотите общият път на разпадане на иРНК започва с скъсяване на опашката на 3 ′ poly (A), последвано от 3 ′ до 5 ′ екзонуклеолитично разграждане и/или отстраняване на 5 ′ 7-метилгуанозин капачката чрез отпадане на Dcp2 ензим, позволяващ разграждането от Xrn1 5′ до 3′ екзонуклеаза (1, 2).

При някои организми разпадането на специфични иРНК може да бъде инициирано чрез ендонуклеолитично разцепване (3, 4). В растенията разпадът на иРНК, медииран от малки интерфериращи (si) РНК и микро-РНК (miRNAs), често се случва чрез ендонуклеолитично разцепване (5), което води до 5 ′ до 3 ′ разпад от Xrn1 хомолог XRN4 (6, 7). Освен това в клетките на бозайници са идентифицирани miRNA зависими и независими ендонуклеазни места на разцепване в иРНК (8, 9). Ендонуклеолитичното разцепване също инициира разпадане на иРНК в механизмите за контрол на качеството, като безсмислено-медиирано разпадане (NMD) в метазони и незабравящо разпадане (NGD) в дрожди (10 �). Както в NGD, така и в NMD пътищата, продуктът на разцепване на 3 ′ ендонуклеаза с 5 ′ монофосфатен край бързо се разгражда от Xrn1. Ендонуклеазите могат също да функционират в събития за обработка на цитоплазмената РНК. Например, по време на разгънатия протеинов отговор (UPR), IRE1 ендонуклеолитично се разцепва XBP1 иРНК (метазоен хомолог на HAC1 в S. cerevisiae), за да предизвика неговото неконвенционално сплайсинг и производство на UPR-специфичен транскрипционен фактор, кодиран от иРНК (14).

В тази работа ние се заехме да определим приноса на ендонуклеазите за разграждането на тРНК в Saccharomyces cerevisiae и да се определи дали някакви други процеси допринасят за 5′ до 3′ разграждане на иРНК. Въпреки че нашият анализ разкри няколко събития на ендонуклеолитично разцепване на забележими нива, ние идентифицирахме междинни съединения с разклонени лариати, произтичащи от ендогенни интрон-съдържащи гени, които бяха подложени на разграждане от Xrn1. Това наблюдение идентифицира пътя за изхвърляне на естествени субстрати за пре-мРНК сплайсинг и повишава възможността преходът от първата към втората стъпка в пре-мРНК сплайсинг да служи като контролна точка в регулирането на генната експресия (Фиг. 1А ).

Global 5′ RACE с помощта на a dcp2∆ xrn1∆ щамът разкрива пътя на изхвърляне на ендогенни гени, съдържащи интрон по време на втория етап на сплайсинга на пре-мРНК. (А) Схема на междинния път на изхвърляне на лариат. След първата стъпка на снаждане, някои ендогенни субстрати се отхвърлят от сплайсозомата с известна скорост и впоследствие се подлагат на обезкостяване. Изложените 5 ′ P краища ще бъдат насочени за разграждане от Xrn1. (Б) HAC1 Профилът на иРНК показва различни пикове на известни места на ендонуклеолитично разцепване в dcp2 ∆ xrn1 ∆ (Нисък), но не и в WT (Горен). Изобилието от последователност от етикети, нормализирано към общото картографиране на четенията към всички 6 603 транскрипта (набор от данни S1), е нанесено като функция на нуклеотидната позиция в транскрипта, включително UTR, анотирани от Nagalakshmi et al. (18) (изместване на база 1). Пиковете са обозначени със стрелки. В генната структура екзоните и интронът са посочени съответно в сиви кутии и черна линия. (° С) Статистика на пиковите местоположения за 100 -те обекта с P стойности под 2,5 × 10 𢄧, идентифицирани в dcp2∆ xrn1∆ библиотека.


Въведение

Безсмисленият път на разпадане на мРНК (NMD) се запазва във всички еукариотни организми, които са изследвани досега. Той предизвиква бързо разграждане на иРНК с преждевременни терминиращи кодони и, което е важно, също и някои естествени иРНК (Прегледани в Culbertson and Leeds, 2003 Amrani et al., 2006). Три основни транс-действащи фактора са необходими за NMD при всички еукариоти. Това са протеините с изместване на рамката Upf1p, Upf2p и Upf3p. Съществената роля на тези протеини в този път първоначално е открита в дрождите Saccharomyces cerevisiae и по -късно намерени в многоклетъчни еукариоти. Елиминирането на всеки един от тези три протеина селективно стабилизира иРНК, които са насочени към NMD-медиирано разграждане.

Регулирането на естествените иРНК от NMD е наблюдавано в множество организми, вариращи от дрожди до хора. В проучвания за глобален анализ на ефекта на NMD върху нивата на транскрипция в S. cerevisiae (Lelivelt and Culbertson, 1999 He et al., 2003 Guan et al., 2006 Johansson et al., 2007), D. melanogaster (Rehwinkel et al., 2005) и хората (Mendell et al., 2004 Whittmann et al., 2006 Yepiskoposyan et al., 2011)

10% от транскриптома е засегнат, когато NMD е нефункционален. По-голямата част от засегнатите иРНК се натрупват в nmd мутанти (Lelivelt and Culbertson, 1999 He et al., 2003 Guan et al., 2006 Johansson et al., 2007).

Има няколко сигнала, за които е известно, че активират разпадането на естествените иРНК чрез NMD. Те включват: (1) Преведени нагоре по веригата отворени рамки за четене (uORFs) (Gaba et al., 2005 Guan et al., 2006). (2) Иницииране на транслация при AUG извън рамката в рамките на основната отворена рамка за четене, наричано също течащо сканиране (Welch and Jacobson, 1999 Guan et al., 2006), (3) Неефективно сплайсирани пре-мРНК (He et al., 1993 Guan et al., 2006). (4) Някои непродуктивни алтернативно сплайсирани преписи (Kawashima et al., 2014). (5) рибозомни рамкови смени (Belew et al., 2010). (6) Доказано е, че Upf1p-зависим дестабилизиращ елемент (UDE) причинява разграждане на PPR1 иРНК от NMD (Kebaara et al., 2003b) и (7) атипично дълги 3′-UTRs (Muhlrad and Parker, 1999 Singh et al., 2008 Kebaara и Atkin, 2009 Yepiskoposyan et al., 2011). Взети заедно, тези проучвания показват, че има различни известни сигнали, които индуцират разграждането на тРНК от NMD. Повечето от тези функции, насочени към NMD, са запазени в други организми.

В момента три естествени S. cerevisiae Известно е, че тРНК, съдържащи NMD насочващи сигнали, са имунизирани срещу пътя (Ruiz-Echevarria и Peltz, 2000 Kebaara и Atkin, 2009). Тези устойчиви на NMD иРНК включват SSY5 иРНК, естествена иРНК с атипично дълъг 3′-UTR (Kebaara и Atkin, 2009), както и GCN4 и YAP1 иРНК, които имат uORFs (Ruiz-Echevarria and Peltz, 2000). Това, че някои ендогенни иРНК с характеристики на насочване на NMD могат да избягат от NMD, предполага, че тези иРНК са разработили механизми за избягване на разграждането по пътя.

Първоначално се идентифицирахме SSY5 иРНК като потенциален NMD субстрат в скрининг за S. cerevisiae иРНК с атипично дълги 3′-UTRs. SSY5 иРНК имат 3′-UTRs

475 нуклеотиди. Това е нетипично дълго S. cerevisiae 3 ′-UTR. В S. cerevisiae 3 ′-UTR обикновено варират в размер от 50 до 200 nt, със средна дължина от 121 nt. Нетипично дългите SSY5 Очаква се 3′-UTR да насочват иРНК към NMD пътя. При първоначално изследваните условия обаче установихме, че SSY5 иРНК не се разграждат от пътя (Kebaara и Atkin, 2009).

Тук изследвахме имунитета на SSY5 иРНК към NMD пътя. Ние показваме, че SSY5 иРНК е имунизирана срещу NMD при някои състояния. При излагане на топлинен стрес това SSY5 иРНК става чувствителна към NMD пътя в някои генетични среди, докато втори, по -кратък SSY5 иРНК е нечувствителна към пътя. Въпреки това, дългият SSY5 иРНК 3 ′-UTR е достатъчна за насочване към нечувствителна към NMD иРНК за индуцирано от NMD разграждане при всички тествани условия. Освен това, ние демонстрираме, че заместването на SSY5 3 ′-UTR с cyc1-512 3 ′-UTR, за който е доказано, че насочва NMD-нечувствителни иРНК към пътя, води до производство на слети иРНК, които са регулирани по NMD-зависим начин. Освен това, подмяна на SSY5 3 ′-UTR с CYC1 3 ′-UTR, който не насочва иРНК към NMD пътя, също води до иРНК, които са регулирани от NMD. Тези наблюдения предполагат, че SSY5 иРНК изисква последователности както в 5′-UTR и/или ORF, така и в 3′-UTR, за да избегне разпадането по NMD пътя.


Каква е скоростта на разпадане на иРНК в saccharomyces cerevisiae? - Биология

Стабилността на няколко транскрипта на онкоген, цитокин и растежен фактор се регулира строго чрез сигнални пътища чрез ARE (богат на AU елемент), присъстващ в техните 3'-UTRs. Идентифицирахме препис от дрожди, TIF51A, чиято стабилност се регулира чрез богатия на AU 3′-UTR. Ние демонстрираме, че TNFα и c-fos АРЕ регулират оборота на препис от репортерска мая по подобен начин. ARE стабилизират транскрипта в глюкозна среда и функционират като дестабилизиращи елементи в среди с липса на глюкоза или когато пътят на Hog1p/p38 MAP киназа е инхибиран. Значително, както дрождите, така и ARE на бозайниците насърчават депаниране, зависимо от деденилирането, в системата на дрождите. Освен това, хомологът ELAV на дрождите, Pub1p, регулира стабилността, медиирана от TNFα ARE. Тези резултати показват, че дрождите притежават регулируем механизъм за ARE-медиирано гниене и предполагат запазване на този процес на оборот от дрожди към хора.


[29] Измерване на скоростта на разпадане на тРНК в Saccharomyces cerevisiae

Акцентът в тази глава е върху протоколи, които измерват скоростта на разпадане на иРНК в дрожди след инхибиране на транскрипцията. Във всички протоколи синтезът на иРНК се инхибира, или като цяло, или за специфични гени и в различни моменти след такова инхибиране изобилието от определени иРНК се следи чрез прости техники (Northern blotting). Инхибирането на общия синтез на тРНК се осъществява чрез използване на специфични лекарства или чувствителен към температурата мутант на РНК полимераза II. За разлика in vivo процедурите за етикетиране, тези подходи са ясни, изискват минимални количества радиоактивен материал, са приложими за тРНК от всякакъв клас на изобилие или скорост на транскрипция и те предоставят информация за целостта на тРНК успоредно с количественото определяне на скоростта на разпадане на тРНК. Потенциалните недостатъци на тези протоколи включват неспецифичните странични ефекти на лекарствата, използвани за инхибиране на транскрипцията, и потенциалната загуба на лабилни оборотни фактори при липса на текуща транскрипция. Въпреки това, за повечето от анализираните тРНК, скоростите на разпадане, получени чрез методи, зависещи от инхибирането на транскрипцията, са в съответствие с (а) тези, получени чрез анализ на импулсното преследване и (б) сравнения на стационарните нива на иРНК с идентични скорости на транскрипция, но различни скорости на разпадане. За анализ на скоростта на разпадане на единична иРНК, алтернативен подход използва регулираното GAL1 промотор за селективно потискане на синтеза на специфичен транскрипт. Този метод обаче изисква специфични плазмидни конструкции.


Достъп до Документ

  • APA
  • Стандартен
  • Харвард
  • Ванкувър
  • Автор
  • BIBTEX
  • RIS

Лабораторни методи в ензимологията: РНК. Academic Press Inc, 2013. стр. 137-155 (Методи в ензимологията, том 530).

Резултати от изследването: Глава в Книга/Доклад/Конференция, продължаваща ›Глава

Т1 - Метод за измерване на скоростта на разпадане на тРНК в saccharomyces cerevisiae

N2 - Разграждането на еукариотна иРНК е съществен аспект на генната регулация. Правилното изключване на генерирането на транскрипт гарантира, че протеиновият синтез няма да се случва за неопределено време. Чрез гарантиране, че всички иРНК са унищожени, клетките могат да се адаптират бързо към променящите се физиологични и екологични условия. Разграждането на еукариотната цитоплазмена тРНК се инициира предимно чрез отстраняване на поли(А) опашката в 3′ края (деаденилиране). След деденилиране или иРНК се разгражда по начин 3'-5', или капачката се отстранява и иРНК се разгражда 5'-3' (прегледано в Coller and Parker, 2004). Определянето на скоростта на разпадане на иРНК, както е посочено от полуживота на иРНК, е жизненоважно, за да се разбере как стабилността на иРНК се модулира при различни физиологични условия.

AB - Разграждането на еукариотна иРНК е съществен аспект на генната регулация. Правилното изключване на генерирането на транскрипт гарантира, че протеиновият синтез няма да настъпи за неопределено време. Чрез гарантиране, че всички иРНК са унищожени, клетките могат да се адаптират бързо към променящите се физиологични и екологични условия. Разграждането на еукариотната цитоплазмена тРНК се инициира предимно чрез отстраняване на поли(А) опашката в 3′ края (деаденилиране). След деденилиране или иРНК се разгражда по начин 3'-5', или капачката се отстранява и иРНК се разгражда 5'-3' (прегледано в Coller and Parker, 2004). Определянето на скоростта на разпадане на тРНК, както е посочено от полуживота на тРНК, е жизненоважно за разбирането как се модулира стабилността на тРНК при различни физиологични условия.


Тематични области на ASJC Scopus

  • APA
  • Стандартен
  • Харвард
  • Ванкувър
  • Автор
  • BIBTEX
  • RIS

В: Природа , бр. 461, No 7261, 10.09.2009 г., стр. 225-229.

Резултати от изследването: Принос към списанието › Статия › партньорска рецензия

Т1 - Ко -транслационен разпад на иРНК в Saccharomyces cerevisiae

N1 - Информация за финансиране: Благодарности Благодарим на P. Maroney и T. Nilsen за споделянето на непубликувани данни за поли (А) анализа на опашката. Благодарим и на Т. Нилсен за прозрението, предложенията и оценката на ръкописа. Благодарим също на Р. Паркър, А. ван Хуф и М. Уикенс за реактиви и съвети. Финансирането беше осигурено от Американската сърдечна асоциация и Националните здравни институти.

N2 - Скоростите на разпадане и транскрипция на РНК определят стационарните нива на цялата РНК на съобщението и и двете могат да бъдат предмет на регулиране. Въпреки че детайлите на транскрипционната регулация стават все по-разбрани, механизмът(ите), контролиращи разпада на иРНК, остават неясни. При дрождите основният път на разпадане на иРНК започва с деденилиране, последвано от декапиране и 5′ĝ€"3′ екзонуклеазно смилане. Важно е, че се предполага, че рибозомите трябва да бъдат отстранени от иРНК, преди транскриптите да бъдат унищожени. Противно на това предсказание, тук ние показват, че разпадът се осъществява, докато иРНК са свързани с активно транслатиращи рибозоми. Данните показват, че дисоциацията на рибозомите от иРНК не е предпоставка за разпадане и ние предполагаме, че полярността на разграждането на иРНК от 5′ĝ € "3" се е развила, за да се гарантира, че последната транслокираща рибозома може да завърши транслацията.

AB – Скоростите на разпадане и транскрипция на РНК определят стационарните нива на цялата информационна РНК и и двете могат да бъдат обект на регулиране. Въпреки че детайлите на транскрипционната регулация стават все по -разбираеми, механизмът (ите), контролиращ (и) контрола на разпадането на тРНК, остават неясни. При дрождите основният път на разпадане на тРНК започва с деденилиране, последвано от декапиране и разграждане на екзонуклеаза с 5'ĝ "3" екзонуклеаза. Важното е, че се хипотезира, че рибозомите трябва да бъдат отстранени от иРНК, преди транскриптите да бъдат унищожени. Противно на това прогнозиране, тук ние показват, че разпадът се осъществява, докато иРНК са свързани с активно транслатиращи рибозоми. Данните показват, че дисоциацията на рибозомите от иРНК не е предпоставка за разпадане и ние предполагаме, че полярността на разграждането на иРНК от 5′ĝ € "3" се е развила, за да се гарантира, че последната транслокираща рибозома може да завърши транслацията.


Глава 1 - Методи за изследване на разпадането на мРНК No -Go Saccharomyces cerevisiae

В еукариотни клетки консервативните системи за наблюдение на мРНК са насочени и разграждат аберантни иРНК, елиминирайки транслационните грешки, които възникват по време на синтеза на протеин и по този начин налагат качествен контрол на генната експресия. Две такива системи за контрол на качеството на цитоплазмата, безсмислен медииран разпад на мРНК и непрекъснат разпад на иРНК, се развиха, за да се насочат към иРНК с аберации в транслацията. Трета нова система за контрол на качеството е идентифицирана за дрождови мРНК с дефекти в удължаването на транслацията поради силни места на пауза при транслация. Тази подгрупа от иРНК с места за пауза на рибозома е разпозната и насочена за разграждане чрез ендонуклеолитично разцепване в процес, наричан no-go mRNA разпад (NGD). Описаните тук методи са предназначени да помогнат при изследването на NGD в Saccharomyces cerevisiae. Те включват процедури за създаване на ефективна пауза на удължаване на транслацията, характеристики на разпадане на анализа на NGD субстрати и характеризиране на NGD-зависимо ендонуклеолитично разцепване на тРНК. Логиката на дизайна и описаните методи могат да бъдат модулирани и използвани за идентифициране и анализ на нови пътища за контрол на качеството на РНК в други организми.


ПРЕДИМСТВА ОТ СВЪРЗВАНЕТО МЕЖДУ ТРАНСКРИПЦИЯ И МРНК РАЗЛИВ

Функционалната връзка между синтеза и разграждането на иРНК в еукариотни клетки играе жизненоважна физиологична роля за оформянето на характерните модели на генна експресия по време на различни клетъчни процеси, като клетъчно делене/клетъчен цикъл, програма за развитие, клетъчна пролиферация, прогресия на клетъчния цикъл, възпалителен отговор , клетъчен отговор на стрес и други сигнали от околната среда и в биологичната еволюция. Това взаимодействие е жизненоважно за координиране на модела на генна експресия в бързо и рязко трептене в нивата на стотици до хиляди транскрипции едновременно в рамките на много тесен период от време, който е от съществено значение за реагиране на такива сигнали. При такива обстоятелства рязкото покачване на нивата на стационарно състояние на иРНК(ите) може да бъде постигнато по-ефективно, ако намалената скорост на кинетика на разпадане на такива транскрипти осигурява едновременна и положителна обратна връзка за подобряване на скоростта им на транскрипция. Примери за такова функционално свързване между тези два процеса, оформящи подходящ профил на генна експресия, включват регулиране на специфични и глобални стационарни нива на тРНК по време на осмотичен стрес в S. cerevisiae, където малка промяна в осмоларността в средата води до драматично нагоре регулиране на голяма подгрупа съобщения [181]. По подобен начин координацията между транскрипцията и разпадането на иРНК причинява засилване на огромен изблик от транскрипти на индуцирани гени, което е едновременно с драматична дестабилизация на съобщенията на потиснатите гени по време на леките топлинни шокове и пътищата за реакция на увреждане на ДНК [182] [183] ] [184] .

Освен това, функционалната връзка между скоростта на синтез и разпад осигурява ефективен начин за поддържане на подходяща доза от глобалния транскриптом при определено физиологично състояние. В съответствие с това мнение, скорошно разследване в S. cerevisiae разкри, че клетките перфектно и стабилно поддържат стабилно и непрекъснато ниво на разнообразни транскрипти чрез подходящо модулиране на скоростта на тяхното разпадане, когато синтезът на глобалния транскриптом е атенюиран чрез въвеждане на мутация в RNAPII [132]. Забележително е, че тези работници също отбелязват, че нокаутирането на каталитичната субединица на комплекса Ccr4p/Pop2/Not води до намалена скорост на синтез на глобални транскрипти. Следователно това наблюдение е в съответствие с извода, че поне в S. cerevisiae, взаимната обратна връзка между тези два антагонистични процеса е от решаващо значение за буферирането на глобалното ниво на транскрипти [132] . Поразително е, че това откритие също е успоредно на отбелязаното по -рано влияние на Δdcp1 мутация за повишаване скоростта на транскрипция за поддържане на оптимално ниво на клетъчни транскрипти (вижте по-горе в предишния раздел) [135] . По този начин, способността на дрождевите клетки да поддържат физиологичната доза на глобалните транскрипти, въпреки че имат дефект в която и да е от механизмите за транскрипция или разпадане, силно замесва координирано кръстосано взаимодействие между синтеза на иРНК и разпада. Въпреки това остава неясно дали намалената скорост на синтез на глобални транскрипти се дължи на намалена скорост на транскрипционна активност или нарушена скорост на разпадане на иРНК или и на двете.

Характерният и интегриран модел на генна експресия, постигнат чрез взаимодействието между транскрипцията и кинетиката на разпадане на иРНК, изглежда оформя профилите на експресия на гените по време на клетъчния цикъл. В S. cerevisiae, повече от 10% от кодиращите протеини гени се регулират по начин, зависим от клетъчния цикъл [185]. Ядрото на хистонните тРНК осигурява един такъв пример, при който навлизането в S-фазата е придружено от бързо увеличаване на техния синтез, последвано от бързо намаляване на тяхното изобилие веднага щом клетките излязат от S-фазата, вероятно чрез потискане на тяхната транскрипция и едновременно с това предизвиквайки тяхното разпадане [186] [187] . Забележително е, че въвеждането на допълнително копие на хистонов ген в клетката на хаплоидната дрожди води до тотален прираст в синтеза на съответните съобщения, без да се засягат нивата на иРНК в стационарно състояние, което вероятно се балансира от засиленото разграждане на иРНК [188]. В съответствие с тази констатация, Lsm1-7p се оказа критичен за поддържане на клетъчните нива на хистонови иРНК [189]. Подобни примери за зависим от клетъчния цикъл времеви контрол на изобилието на съобщения, включващ кръстосан разговор между транскрипцията и разпадането, са предоставени от контрола на SWI5 и CLB2 иРНК, както е споменато по-горе. Влизането в митоза е свързано с намаляване на изобилието на SWI5 и CLB2 съобщения, което се предполага, че е резултат от намалена транскрипция и повишен разпад [10] . По подобен начин се предполага, че механизмите на свързване между тези две събития оформят нивата на експресия на отделни генни клъстери, които се подлагат на регулиране, зависимо от клетъчния цикъл, като гени, участващи в синтеза на ДНК, цитокинезата, пъпкуването и други събития, специфични за клетъчния цикъл [185] [ 190] [191] [192] [193] .

И накрая, функционалното свързване между транскрипцията и разпада на иРНК беше замесено в насърчаването на скоростта на еволюция на организмите. Както е предложено от Хаймович и др., координацията между скоростта на синтеза и разпадането на РНК на пратеника изисква относително по -малък брой мутации, необходими за създаване на уникален и желан профил на генна експресия, за да реагира на променящата се среда [133]. Следователно, този уникален профил на генна експресия би довел до новия и оптимален протеом, необходим за постигане на един или повече различни фенотипа, които биха осигурили на организма по-добро селективно предимство в новата среда [3] . Този постулат предвижда, че само една регулаторна последователност, присъстваща в гена (като промоторна последователност), ще бъде подложена на еволюционния селекционен натиск при новите условия (условия) на околната среда, като по този начин ще се наложи необходимостта от по -малък брой мутации. По този начин функционалното свързване играе стимулираща роля за увеличаване на скоростта на еволюция, което води до по -голямо биоразнообразие [3].

Възможните кръстосани смущения между синтеза на специфични набори иРНК в ядрото и тяхното регулирано разграждане изглежда оформят профилите на експресия на съответния транскриптом в системата на бозайниците, както и по време на клетъчна диференциация и пролиферация, прогресия на клетъчния цикъл, имунен и възпалителен отговор. Поразително е, че вирусът на гама херпес изглежда използва обратната връзка между транскрипцията и разпадането на тРНК, за да поеме контрола върху клетъчната машина, за да оформи модела им на генна експресия. Бъдещите изследвания трябва да разкрият (i) по-преки доказателства за функционално кръстосано взаимодействие между транскрипцията и разпада на иРНК при бозайници, както и (ii) молекулярното прозрение за такова взаимодействие между тези два противоинтуитивни процеса при бозайници.


<p>Този раздел предоставя всякаква полезна информация за протеина, предимно биологични познания.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Още. </a></p> Функция i

Свързва се със специфични AU-богати елементи (ARE) в 3'-нетранслираната област на целевите иРНК и насърчава тяхното разграждане. В отговор на дефицита на желязо, насърчава разпадането на много тРНК, кодиращи протеини, участващи в железо-зависимите пътища. Отрицателно регулира предимно железозависимите митохондриални процеси, включително дишане и биосинтез на аминокиселини.

& ltp> Ръчно подбрана информация, за която има публикувани експериментални доказателства. & lt/p> & ltp> & lta href = "/manual/evidence#ECO: 0000269"> Още. </a></p> Ръчно твърдение въз основа на експеримент в i

Региони

Функционален ключПозиция (и)Описание Действия Графичен изгледДължина
& ltp> Този подраздел на раздела & lta href = "http://www.uniprot.org/help/function%5Fsection"> Функция & lt/a> определя позицията (ите) и вида (ите) цинкови пръсти в протеина. <p><a href='/help/zn_fing' target='_top'>Още. & lt/a> & lt/p> Цинков пръст i 204 – 232 C3H1-type 1 PROSITE-ProRule анотация

& ltp> Ръчно валидирана информация, генерирана от системата за автоматични анотации на UniProtKB. & lt/p> & ltp> & lta href = "/manual/evidences#ECO: 0000255"> Още. & lt/a> & lt/p> Ръчно утвърждаване съгласно правила i