Информация

Влияе ли pH на константата на Михаелис?

Влияе ли pH на константата на Михаелис?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Опитвах се да потвърдя км на субстрат (което е 34 +/- 4 mM). Тази стойност се получава в 50 mM MOPS, рН 6.3. Проведох моя кинетичен анализ в буфер с pH 7 и получих Km стойност в 21,5. Съгласно този документ, Фиг. 2C, нормализираната специфична активност на ензима е около 70% при pH 6,3 и около 47% при pH 7. Ако разделя 34 mM при pH 6,3 на 0,7 (което трябва да ми осигури оптималното Km при оптималното рН от 5,5) и след това умножете по 0,48, след което получавам 23 mM. Въпреки това, в хартията се казва, че Km е между 30 - 38 mM, така че ако разделя 30 и 38 отделно по 0,7 и умножа по 0,47, получавам съответно 20 и 25,6 mM. Тъй като моята стойност попада в този диапазон, това трябва да означава, че имам правилния ензим и същия резултат като хартията.

Така че въпросите ми са:

  1. Когато в хартията пише, че Km е "34 +/- 4 mM", мога ли да приема, че това означава, че Km може да бъде някъде между 30 - 38 mM? Изненадан съм да видя колко широк е диапазонът. Предполагах, че Km обикновено е само една стойност с отклонение най-много 0,1.

  2. pH променя ли стойностите на Km? Разбирам, че pH променя формата(ите) на ензима и/или субстрата. Следователно това трябва да повлияе на това колко иска да се свърже със субстрата. Ако желанието на ензима да се свърже със субстрат намалява например поради повишаване на pH, това би означавало, че са необходими повече субстрати, за да обградят ензима, като по този начин се увеличава Km.

  3. Ако pH променя Km, по този начин ли определям Km стойността на различна стойност на pH, ако стойността Km при друго pH вече е известна? Знам, че специфичната активност и константата на Михаелис са различни, но колко продукт може да се преобразува в минута зависи от това колко обича ензимът да се свързва със субстрат, което се представя от константата на Михаелис. Моите разсъждения и изчисления стигнаха ли до правилното заключение? Ако не, как се прави изчислението?


От извличането на кинетиката на Michaelis-Menten можете да видите, че:

$$K_m=frac{k_f + k_{cat}}{k_r}$$

Където $k_f$ и $k_r$ са константи на скоростта на свързване и развързване (за свързване ензим-субстрат), съответно, а $k_{cat}$ е числото на оборота. Това е за приближението на квази-устойчивото състояние (QSSA). За равновесното приближение:

$$K_m=frac{k_f}{k_r}$$, което е същото като константата за асоцииране.

И в двата случая pH може да повлияе на скоростта на свързване и развързване чрез повлияване на афинитета между ензима и субстрата. Например нека приемем, че мястото на свързване на субстрата е отрицателно заредено. Ниското рН би увеличило електростатичния потенциал на мястото на свързване на субстрата към нула чрез повлияване на йонизацията на функционалните групи.

pH може също да има индиректни ефекти върху мястото на свързване на субстрата, тъй като може да модифицира цялостната структура на протеина.

Много ензимно катализирани реакции включват киселинно-алкална катализа, т.е. има пренос на протон. При реакции като тези pH може да повлияе на $k_{cat}$.

Ако pH промени Km, по този начин ли определям Km стойността на различна стойност на pH, ако стойността Km при друго pH вече е известна?

Можете да направите това, като направите графика на Lineweaver-Burk за промененото pH.


Гледай видеото: Расчет рН растворов сильных и слабых кислот. Химия для поступающих. (Декември 2022).